MTsN 3 Banda Aceh adalah salah satu Madrasah yang berada di Kota Banda Aceh, yang beralamat dijalan Kampus UNIDA Gampong Punge Blang Cut, Kecamatan Jaya Baru, Kota Banda Aceh. Berikut ini sekelumit sejarah cikal bakal lahirnya sebuah MTsN 3 Banda Aceh yang mengalami beberapa kali pemindahan alamat dan tempat proses belajar sampai posisi terakhir berlokasi di Gampong Punge Blang Cut Kecamatan Jaya Baru Kota Banda Aceh.
Pertama sekali MTsN 3 Banda Aceh didirikan Pada Tahun 1978, statusnya sebagai sebuah Madrasah Swasta yang berada dibawah naungan Yayasan Pembangunan Ummat Islam (YPUI). Pada saat itu lokasi madrasah berada di jalan Syiah Kuala, Komplek YPUI. Pada tahun 1996 Alhamdulillah mendapatkan status Negeri dan berubah statusnya dari Madrasah Tsanawiyah Swasta menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri Meuraxa Banda Aceh. Status negeri pada madrasah ini di S.K kan oleh Departemen Agama Republik Indonesia (Kementerian Agama sekarang). Pada tahun 2016 MTsN Meuraxa berubah nama menjadi MTsN 3 Banda Aceh berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 670 Tahun 2016 tentang Perubahan Nama Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Tsanawiyah Negeri dan Madrasah Tsanawiyah Negeri di Provinsi Aceh yang ditetapkan pada tanggal 17 November 2016.
Pada saat madrasah baru didirikan, yang menjadi kepala Madrasah adalah Bapak Drs. Jailani Sulaiman, beliau memimpin dari tahun 1978 sampai tahun 1990. Selama dua belas (12) tahun di bawah kepemimpinannya madrasah ini terus mengalami perkembangan dan kemajuan di berbagai bidang. Selanjutnya pada tahun 1991 pergantian kepemimpinan ditingkat kepala madrasah terjadi dan pemegang pucuk pimpinan dipercayakan kepada bapak Syamsuddin yang memimpin madrasah tersebut sampai dengan tahun 1994.
Sebagai sebuah lembaga pemerintah yang memiliki 6 sistem yang baik, periode kepemimpinan kepala madrasah memiliki batasan setiap 1 periode lamanya 4 tahun, maka setelah 4 tahun Bapak Syamsuddin memimpin, madrasah ini pun terjadi lagi peralihan pimpinannya, karena Bapak Syamsuddin memasuki masa purna bakti. Kepala madrasah digantikan oleh Drs. Zainuddin Daud.
Masih di bawah kepemimpinan Drs. Zainuddin Daud, Madrasah Tsanawiyah ini pindah ke lokasi baru yaitu ke Kecamatan Peukan Bada yang merupakan salah satu kecamatan dibawah Kabupaten Aceh Besar. Alamat Madrasah itu sendiri tepatnya disamping Mesjid Tgk. Chik Maharaja Gurah Kecamatan Peukan Bada Kabupaten Aceh Besar.
Kegiatan Madrasah ini pun mengalami kemajuan yang sangat pesat, hal ini terlihat dari pertambahan peserta didik yang mengalami peningkatan secara terus menerus setiap tahunnya. Bapak Zainuddin Daud mampu membawa madrasah ini menjadi madrasah kepercayaan masyarakat Aceh Besar dari tahun 1994 dan sampai berakhir kepemimpinannya pada tahun 1998, madrasah ini terus berkembang dengan baik dan di bawah kepemimpinannya MTs YPUI ini di ubah statusnya menjadi MTsN Meuraxa Banda Aceh. Kemudian peralihan pucuk pimpinan Madrasah dipercayakan kepada Bapak Drs. Abubakar Amin dari tahun 1998 sampai dengan tahun 2001 Drs. Abubakar Amin menjalankan saat tugasnya sebagai kepala MTsN Meuraxa Banda Aceh selama satu periode yang saat itu madrasah masih berlokasi di Kecamatan Peukan Bada Kabupaten Aceh Besar.
Setelah berjalan kurang lebih 4 tahun atau 1 periode kepemimpinan, terjadi lagi pergantian kepemimpinan MTsN Meuraxa dari Drs. Abubakar Amin kepada Drs. Abdul Wahid, sejak 2001 Drs. Abdul Wahid memimpin MTsN Meuraxa selama kurang lebih 3 tahun atau sampai akhir tahun 2003. Setelah masa kepemimpinan Drs. Abdul Wahid berakhir, kepemimpinan Kepala Masdrasah di gantikan oleh Drs. Murtala, M.Ag. tepatnya pada tanggal 12 Januari 2004.
Seiring dengan perkembangan waktu dan perputaran masa, yang semuanya itu berada dalam kekuasaan Allah SWT, maka apapun yang terjadi dipermukaan bumi ini tidak pernah luput dari kehendak Yang Maha Kuasa. Begitu juga kebahagiaan, kesusahan, nikmat dan musibah yang dialami setiap manusia dari waktu kewaktu dapat terjadi hanya karena adanya kehendak dan izin dari Allah SWT. Tepatnya pada tanggal 26 Desember 2004 bumi Indonesia dan belahan dunia lainya terjadi guncangan gempa yang maha dahsyat, khususnya di Provinsi Aceh Darussalam, bumi serambi mekkah, terjadi gempa yang sangat hebat, mencapai 8,9 skala ricther. Setelah gempa selesai di susul oleh gelombang tsunami yang menghancurkan semua bangunan di daerah pinggiran pantai, sampai mencapai radius 5 km. Saat terjadinya gempa dan tsunami, MTsN Meuraxa di bawah kepemimpinan Drs. Murtala, M.Ag. Gempa bumi dan gelombang Tsunami yang menghancur leburkan seluruh bangunan, termasuk bangunan permanen MTsN Meuraxa yang pada saat itu sudah memiliki siswa sebanyak 235 orang. Akibat dari musibah itu siswa MTsN Meuraxa yang selamat 17 orang dan sisanya sebanyak 218 telah menjadi korban tsunami. Ke 17 orang siswa ini meneruskan pendidikan di bangku MTsN Meuraxa yang lokasinya saat itu tidak lagi di Kecamatan Peukan Bada Kabupaten Aceh Besar, tetapi harus dilaksanakan di tempat pengungsian, kegiatan ini terjadi pada tahun ajaran 2004/2005. Pada tahun 2005 MTsN Meuraxa Banda Aceh melaksanakan kegiatan pembelajaran dengan cara bergabung belajar dengan MTs Darussyariah Mesjid Raya Baiturrahman Banda Aceh untuk sementara.
Setelah waktu berjalan selama 1 tahun, pada tahun 2006 MTsN Meuraxa pindah kembali lokasi kegiatan pembelajarnya dengan menumpang atau pinjam pakai ruang belajar pada MAN 2 Banda Aceh yang beralamat di Jln. Teuku Umar Lamteumen. Pada tahun 2007, dan tepat pada bulan Oktober 2007 MTsN Meuraxa Banda Aceh mendapat bantuan pembangunan gedung dan dapat menempati gedung sendiri yang berlokasi di jalan Kampus UNIDA Gampong Punge Blang Cut Kecamatan Jaya Baru Kota Banda Aceh. Gedung ini merupakan bantuan dari NGO Islamic Relief, dengan fasilitas 6 (enam) ruang belajar, 1 (satu) ruang perpustakaan, 1 (satu) ruang guru, 1 (satu) ruang laboratorium, 1 (satu) ruang ketrampilan, 1 (satu) ruang tata usaha, serta 1 (satu) ruang Kepala Madrasah.
Kepemimpinan Bapak Drs. Murtala berakhir tahun 2010, yang dilanjutkan oleh Bapak Drs. Fardial sampai dengan bulan September 2012. Selanjutnya kepemimpinan MTsN Meuraxa Banda Aceh sejak Oktober 2012 dipimpin oleh Bapak Muzakkar Usman, S.Ag, M.Pd. sampai dengan tahun 2018. Pada bulan Maret 2018 Kepemimpinan MTsN 3 Banda Aceh dijabat oleh Bapak Drs. Ridhwan Ali, M.Pd. sampai dengan bulan Mei 2018 dan dari bulan Juni 2018 Drs. Ridwan Ali, M.Pd. digantikan oleh Bapak Sayuthi, M.Ag.
Sumber: Data Laporan Sekolah